2002년, Tim Kemp는 Subversion이 매우 훌륭한 버전 관리 시스템이지만, 좋은 GUI 클라이언트가 부족하다는 것을 알게 되었습니다. Windows 셸 통합으로서의 Subversion 클라이언트 아이디어는 TortoiseCVS라는 유사한 CVS 클라이언트에서 영감을 받았습니다. Tim은 TortoiseCVS의 소스 코드를 연구하여 TortoiseSVN의 기반으로 사용했습니다. 그는 프로젝트를 시작하고 tortoisesvn.org 도메인을 등록한 다음 소스 코드를 온라인에 공개했습니다.

그 무렵, Stefan Küng은 좋고 무료인 버전 관리 시스템을 찾고 있었고 Subversion과 TortoiseSVN의 소스를 발견했습니다. TortoiseSVN이 아직 사용할 준비가 되지 않았기 때문에 그는 프로젝트에 참여하여 프로그래밍을 시작했습니다. 그는 곧 기존 코드의 대부분을 다시 작성하고 명령과 기능을 추가하기 시작했으며, 결국 원래 코드는 아무것도 남지 않게 되었습니다.

Subversion이 더욱 안정화되면서 TortoiseSVN을 Subversion 클라이언트로 사용하기 시작하는 사용자들이 점점 더 많아졌습니다. 사용자 기반은 빠르게 성장했으며 (지금도 매일 성장하고 있습니다). 그때 Lübbe Onken이 TortoiseSVN을 위한 멋진 아이콘과 로고를 돕겠다고 제안했습니다. 그는 현재 웹사이트를 관리하고 많은 번역 작업을 처리합니다.

시간이 지나면서 다른 버전 관리 시스템들도 모두 자체 Tortoise 클라이언트를 갖게 되었는데, 이는 탐색기의 아이콘 오버레이에 문제를 일으켰습니다. 이러한 오버레이의 수는 제한되어 있으며, 하나의 Tortoise 클라이언트만으로도 그 제한을 쉽게 초과할 수 있습니다. 그때 Stefan Küng이 모든 Tortoise 클라이언트가 동일한 아이콘 오버레이를 사용할 수 있도록 하는 TortoiseOverlays 구성 요소를 구현했습니다. 이제 모든 오픈 소스 Tortoise 클라이언트와 일부 비-Tortoise 클라이언트도 이 공유 구성 요소를 사용합니다.